Най-достъпни, не изискващи допълнителни разходи и спомагащи за опазването на околната среда са агротехническият метод за растителна защита, концептуалната основа, на които е създаването на такива агро-екологични условия за ценозата на зърнените култури, при които се постига максимална продуктивност на растенията и се забавя развитието на вредните организми.
Арсеналът на агротехническия метод, включително и организационният, е доста обширен и може да оказва решаващо въздействие върху фитосанитарното състояние на посевите със зърнени култури. Например, масовото развитие на кореновото гниене е един чисто агротехнически проблем и може да бъде решен чрез правилно изпълнени техники. Решаващите фактори в този случай са кои са предшествениците на културите, методите за обработка на почвата и системата на минерално торене.
Най-важният аграрно-биологически и организационно-икономически метод си остава сеитбооборота. За традиционни „санитари” се смятат царевицата, овеса, рапицата, многогодишните бобови култури, слънчогледа и захарното цвекло. Дори при повторно засяване на пшеница използването в сеитбооборота като прекъсваща култура на цвекло, грах, овес, или още по-добре на веригата: цвекло - овес - царевица за силаж; царевица - пшеница - захарно цвекло - пшеница, на практика елиминират проблема с кореновото гниене и други разпространени заболявания.
Важно е да се избере нужния метод на обработване на земята. Въвеждането на чистите угари и правилната им обработка в сухите райони може да ограничи разпространението на ръжда, брашнеста мана, септориоза и по-специално кореновото гниене. В сухите райони е добре да се застраховаме във фитосанитарно отношение. При повърхностна обработка на почвата разпространението на кореновото гниене до известна степен се увеличава, но е вярно, че по-добре се запазва влагата, повишава се устойчивостта на пшеницата, а това влияе положително на производителността. Особено е ефективна защитната обработка на почвата с плоскорези, на почви склонни към ерозионни процеси. Допуска се също и редуване на плитка и дълбока оран.
За обработваната при предшестващите култури земя, оранта не е задължителна и е възможна повърхностна обработка на почвата. Това създава благоприятни условия за растежа на растенията, и повишава устойчивостта им към болести.
Балансираните торове спират развитието на вредните организми и увеличават издръжливостта на растенията към болести, а небалансираните, особено тези с високи дози азот, допринасят за развитието на гниене, което е причина за ръжда и брашнеста мана.
Използването на птичи тор значително намаляване проявите на кореново гниене и септориоза по пшеницата. Птичия тор трябва да е преминал през термофилно анаеробно разлагане.
За съжаление, комплекса агротехнически дейности надеждно ограничава заболяванията на пшеница, но само при слабото до умереното им проявление. При бурното развитие на болестите, без фунгициди няма да се реши проблема.
Микробиологични препарати и регулатори на растежа може да се прилагат и като имуностимулиращи агенти.
