ДФЗ в качеството си на Разплащателна агенция за територията на Република България изцяло се придържа към изискванията на европейското и националното законодателство и прилага акредитирани процедури при прием, договаряне, разплащане и последващ контрол. ДФЗ категорично заявява, че в процеса на обработка на всеки индивидуален проект, стриктно прилага и спазва разписаните правила и процедури. Това се посочва в официална позиция на Държавен фонд „Земеделие“ във връзка с излезли спекулативни публикации, свързани с твърдения за  наложени санкции по Програмата за развитие на селските райони (ПРСР).
 
"Информираме Ви, че към настоящия момент са влезли в сила следните финансови корекции, наложени по одити от службите на ЕК:

РЕШЕНИЕ ЗА ИЗПЪЛНЕНИЕ (ЕС) 2015/103 НА КОМИСИЯТА от 16 януари 2015 година  за изключване от финансиране от страна на Европейския съюз на някои разходи, направени от държавите членки в рамките на Европейския фонд за гарантиране на земеделието (ЕФГЗ) и на Европейския земеделски фонд за развитие на селските райони (ЕЗФРСР 

РЕШЕНИЕ ЗА ИЗПЪЛНЕНИЕ (ЕС) 2015/2098 НА КОМИСИЯТА от 13 ноември 2015 година  за изключване от финансиране от страна на Европейския съюз на някои разходи, направени от държавите членки в рамките на Европейския фонд за гарантиране на земеделието (ЕФГЗ) и на Европейския земеделски фонд за развитие на селските райони (ЕЗФРСР) 
от които :
 
по мерки 321,322,511 – 19,5 млн. евро
по мерки 121, 123 – 317 хил. евро
по мерки 141, 511 – 1,6 млн. евро
по мярка 112 – 4,6 млн. евро
 
В ход е процедура по общинските мерки, по която в процеса на обсъждане и представяне на мотивирани отговори от страна на България предложената от ЕК санкция е намалена. По първоначалните заключения от одитните доклади,  сумата предложена за изключване беше в размер на 235 млн. евро, но в рамките на представените допълнителни аргументи и доказателства от страна на ДФ „Земеделие“, изцяло отпадна санкция за над 97 млн. евро, свързана с констатации по отношение на Гаранционния фонд. В хода на обсъжданията между страните многократно е намален и размерът на засегнатите суми и предложението за финансова корекция, свързани с авансовите плащания към общините за близо 100 млн. евро.
 
Към настоящия момент в процедура са 3 обединени одита по общинските мерки за периода 2013-2014 г. с първоначално предложени санкции от 33,3 млн. евро, за които предстои помирителна процедура. В резултат  на допълнително представени мотиви и доказателства, по време на заседание пред помирителния орган, очакваме тази санкция да се редуцира допълнително.
 
По отношение на предложената санкция в размер на 28,2 млн. евро, във връзка с финансирането на проекти за ВЕИ,  след предприемането на мерки на национално ниво, включително законодателни промени и преоценка на контролните дейности, България поиска мотивирано преразглеждане на предложената финансова корекция.  Службите на ГД „Земеделие и развитие на селските райони” взеха предвид новонастъпилите факти и обстоятелства като преразгледаха размера на финансовата корекция, която беше редуцирана до 4,7 млн. евро."