В Българската агенция по безопасност на храните (БАБХ) не са осигурени в достатъчна степен необходимите предпоставки за ефективeн контрол за безопасност на храните. Не е разработена цялостно подзаконовата нормативна база, което създава възможност за разнородни практики. Това се посочва в одит на Сметната палата за ефективност и ефикасност на контролната дейност по безопасност на храните за периода от 1 януари 2010 г. до 30 юни 2014 г.
 
В доклада се посочва, че в началото на 2011 г. е променена коренно концепцията за организация и управление на официалния контрол за безопасност на храните. Обединени са множеството компетентни институции и е създаден нов единен орган за официален контрол в лицето на БАБХ, като новата система изисква време за адаптация спрямо новите условия. Действащата нормативна уредба е синхронизирана с принципите на законодателството на Европейския съюз.
 
Според Сметната палата контролната дейност по безопасност на храните е осъществявана в условията на недостиг на финансови и материални ресурси. Това възпрепятства текущата дейност и възможностите за последваща проверка за изпълнение на предписанията. Осигурявани са допълнителни бюджетни средства текущо в хода на бюджетната година, но неяснотата с какъв финансов ресурс ще разполага агенцията през годината поражда рискове за ефективността на контрола и за осигуряването на безопасност на храните.
 
В БАБХ са положени усилия за осигуряване на необходимия административен капацитет. Недостигът на средства обаче е причината за сравнително невисоките равнища на заплащане, липсва и адекватно материално стимулиране. Добре обучените кадри не са мотивирани и не могат да бъдат задържани, поради което е високо нивото на текучество. Финансовото стимулиране в БАБХ не е адекватно на осъществявания от инспекторите контрол и създава корупционни рискове. Налага се влагане на допълнителен ресурс и време за подготовка на нови инспектори. Всичко това са рискове за ефективното и ефикасното осъществяване на контролната дейност. Например, поради липса на административен капацитет проверки са осъществявани само от един инспектор, освен това липсва ротация на инспекторите.
 
Една от препоръките на Сметната палата е да има дежурен служител, който да е на разположение извън работно време за спешни случаи, денонощно, 7 дни в седмицата във всички подразделения на БАБХ.
 
Към март 2015 г. все още няма разработени модули за мониторинг, лабораторен анализ и контрол на качеството и безопасността на храните към специализираната информационна система за ветеринарен контрол. Не е изградена информационна система за лабораторен контрол и проследяемост на пробите и резултатите от тях, във връзка с програмите за контрол на храните и фуражите и здравеопазване на животните.
 
В периода на институционално развитие на БАБХ се наблюдава разнообразна практика в организацията на процеса по планиране на официалния контрол в страната при различните областни дирекции на агенцията. Липсват утвърдени правила за изготвяне, актуализиране и отчитане на Единния многогодишен национален контролен план. Затруднено е изготвянето на годишни планове/графици за контрола на обектите за търговия на дребно и обществено хранене, особено в по-големите областни дирекции, където броят им е значителен. Само в София например, обектите за обществено хранене и търговия на дребно с храни са над 18 500.
 
Спецификата на вноса и неговата непредсказуемост са причини официалният контрол да не може да бъде планиран и да не се изготвят планове за контрол. Това поставя областните дирекции на БАБХ и граничните пунктове пред сериозното предизвикателство. Не са изготвени критерии за оценка на риска за граничните инспекционни пунктове, с което не са изпълнени нормативните изисквания. В един от проверените гранично-инспекционни пунктове например, освобождаването на пратките е извършено преди излизане на резултатите от лабораторния анализ, което поражда рискове на територията на страната да бъдат допуснати опасни храни.
 
Регламентирани са правилата и процедурите за планиране и осъществяване на официалния контрол върху ГМО. Увеличени са проверките върху ГМО. Броят им през 2012 г. е 2322, със 72 на сто повече спрямо 2011 г., а през 2013 г. проверките върху ГМО са 3087, т.е. с 32 на сто повече спрямо 2012 г. Тенденцията се запазва и за първото полугодие на 2014 г. И при контрола върху ГМО липсва ротация и проверките са извършвани само от един инспектор.
 
За одитирания период липсва увереност, че са предприети всички мерки за предупреждение на гражданите, закупили опасни продукти, за които има уведомление по Системата за бързо предупреждение за храни и фуражи. Резултатите от проведено национално представително проучване могат да бъдат определени като критични и показват, че сред населението няма категорична разпознаваемост на БАБХ като орган, осъществяващ основна контролна функция по безопасност на храните. Една трета от анкетираните не знаят кои са органите, които осъществяват контрол по безопасност на храните. Трябва да се предприемат мерки за своевременна публичност на информацията за наличието на опасни храни с цел адекватна защита на населението, е друга от препоръките, които дава Сметната палата за подобряване на контрола. Общо препоръките, отправени към министъра на земеделието и храните са 10, а към изпълнителния директор на БАБХ са 29.
 
Одитът е извършен в съответствие с Международно признатите одитни стандарти, издадени от Комитета за одитни стандарти на Международната организация на върховните одитни институции – ИНТОСАЙ.