Както на полето, така и при съхраняване на зрелия чесън често се наблюдават специфични повреди, които го правят негоден както за консумация, така и за посадъчен материал. Заболяването е известно като сиво гниене по чесъна и се причинява от гъбата Borytis porri. Болестта работи и при съхранение Симптомите на болните зелени растения се проявяват, като старите листа жълтеят и изсъхват. Основата на изсъхналите листа се покрива със сив мицел и спороносене на гъбата. Нападнатите растения при изскубване се късат в областта на кореновата шийка. При съхранение по нападнатите скилидки се образуват вдлъбнати, жълтеникави петна, които при влага се покриват със сивкав налеп от мицела и спороношението на гъбата. По-късно скилидките загниват, спаружват се и мумифицират. Гъбата презимува като склероций по растителните остатъци в почвата, като развитието й се благоприятства от висока почвена влажност. Тя се запазва в почвата в продължение на 3-4 години. Борбата е чрез правилна агротехника Няма регистрирани ефикасни фунгициди за борба със сивото гниене по чесъна. За профилактика се използва потапяне на скилидките преди засаждане в 0,2%-ов разтвор на топсин М 70ВП (2-3 грама на 1 л вода) в продължение на два часа. Мерките срещу сивото гниене при чесъна включват прилагане на агротехнически практики, като унищожаване на растителните остатъци, подходящо сеитбообръщение, използване на здрав и обеззаразен посадъчен материал, поддържане на висока агротехника – торене, окопаване, добро просушаване на зрелия чесън и съхраняването му при проветриви и хладни условия.