Mного важна грижа през вегетацията на пипера е борбата срещу плевелите, болестите и неприятелите. Третирането на посева след разсаждането с хербициди се извършва едва след прихващане на растенията и възстановяване на растежа. При силно заплевеляване с житни плевели подходящи хербициди са фузилад форте (0,09 л/дка), ажил 100ЕК (0,08 л/дка при едногодишни и 0,15 л/дка при многогодишни, в т.ч. балур от коренища), внесени в ранните фази на плевелите. Приложението им е във фаза 3-и-5-и лист на плевелите и се спазва определения карантинен срок до беритбата.

През целия вегетационен период, особено при влажно време, трябва да се следи за появата на листни въшки, преносители на редица вируси. В края на първото и началото на второто десетдневие на юни обикновено се налага да се направи първото пръскане срещу цикадата, която пренася столбура. През юни се пръска два-три пъти през 7-10 дни в зависимост от нейната поява, която се сигнализира от прогнозните служби. През юли е възможно да се направят още едно-две пръскания. Задължителна мярка е извеждане на борбата и с трипса, който пренася вируса на доматената бронзовост. В борбата срещу тези и други неприятели в началото се използват растителнозащитни препарати с дълъг карантинен срок, а по време на плододаване и беритби се използват препарати с кратък срок.

При наличие на подходящи условия за развитие на мана посевите се пръскат профилактично с подходящи фунгициди.

През вегетацията растенията се подхранват с около 40 кг/дка азотен тор. Едновременно с първото окопаване се внасят около 20 кг/дка амониева селитра, а в масово плододаване се внася останалото количество.

Добър ефект се постига и когато подхранването се осъществява в по-кратки интервали, с по-малки торови норми. Положителен ефект дава третирането на растенията и с листни торове (лактофол, фолиарел, хумустим, фитомил и др.), които се прибавят към разтворите за борба с болестите и неприятелите по определени схеми.